வேலூர் நகரின் மையப்பகுதியில் அமைந்துள்ள கோட்டையின் உள்ளே இக்கோயில் அமைந்துள்ளது. இந்தியாவிலேயே அகழியோடு கூடிய ஒரே கோட்டை வேலூர்க்கோட்டை மட்டுமே ஆகும். இதன் எழிலார்ந்த அமைப்பு கண்ணையும் கருத்தையும் கவர்வதாம். இதில் கிழக்குப் பக்கத்தில் மட்டுமே நுழைவாயில் உள்ளது. தற்போது கோட்டை அகழியின் மூன்று பக்கங்களில் மட்டுமே தண்ணீர் உள்ளது. தெற்குப் பக்கத்தில் தண்ணீர் இல்லை. கோட்டையின் உள்ளே மத்திய, மாநில அரசுகளுக்குச் சொந்தமான அலுவலகங்கள் உள்ளன. இதன் வடக்குப் பக்கத்தில் கோயில் அமைந்துள்ளது. இக்கோட்டை 136 ஏக்கர் நிலப்பரப்பில் கட்டப்பட்டுள்ளது. நாயக்கர் காலத்தில் எழுப்பப்பட்ட இதன் ஒரு பாணி விஜயநகர கட்டிடப்பாணியின் இறுதி நிலையைக் கொண்டுள்ளது.
